Государственный природный заповедник «Кологривский лес» создан Постановлением Правительства РФ № 27 от 21 января 2006 года площадью 58939,6 га.

Он стал 101-м заповедником России.

Распоряжением Правительства РФ № 64-р от 22 января 2007 года создано Федеральное государственное учреждение.

Распоряжением Правительства РФ от 29.12.2008 года № 2032-р образована охранная зона Государственного природного заповедника «Кологривский лес» на прилегающих к заповеднику земельных участках площадью 68552,4 га. Общая площадь охраняемой территории около 164 тыс. га

Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации Приказом № 32 от 16 февраля 2009 года присвоило «Государственному природному заповеднику «Кологривский лес» имя его организатора и первого директора М.Г. Синицына.