Сотрудники заповедника «Кологривский лес» занимаются охраной его территории, проведением научных исследований и экологическим просвещением населения.

Исходя из направлений работы, в заповеднике существуют следующие отделы:

1) Отдел охраны территории заповедника (16 инспекторов) и оперативная группа (5 инспекторов)

2) Научный отдел (8 сотрудников)

3) Отдел по экологическому просвещению (4 сотрудника)

4) Отдел обеспечения основной деятельности (19 сотрудников)

5) Отдел бухгалтерского учёта и финансов (3 сотрудника).