Первые комплексные лесоводственные и геоботанические исследования здесь проводились в 1980-ые годы. Под руководством научного сотрудника Костромской лесной опытной станции А.В. Письмерова, обосновавшего необходимость создания на этой территории памятника природы республиканского значения, были заложены пробные площади в основных растительных формациях кологривского девственного леса, на которых проводились детальные описания всех основных компонентов насаждений. С 2014 года коллективом научного отдела заповедника проводятся работы по восстановлению этих пробных площадей и по сбору новых данных о состоянии растительного покрова.
В результате анализа данных, накопленных с 1980 года по настоящее время, авторы публикации пришли к выводу, что в лесах заповедного ядра происходит увеличение доли широколиственных древесных пород, главным образом, липы. Молодое поколение леса имеет преимущественно групповое размещение по территории и приурочено к местам отпада крупномерных деревьев из верхнего яруса.
На некоторых пробных площадях за 40-летний период увеличилось флористическое разнообразие за счет появления таких видов, как щитовник картузианский (Dryopteriscarthusiana), марьянник луговой (Melampyrumpratense), костяники (Rubussaxatilis). На других пробных площадях снижение флористического разнообразия связано с исчезновением таких видов, как сныть обыкновенная (Aegopodiumpodagraria), земляника лесная (Fragariavesca), ожика волосистая (Luzulapilosa), перловник поникший (Melicanutans), вороний глаз (Paris quadrifolia), золотарник обыкновенный (Solidagovirgaurea), фиалка Селькирка (Violaselkirkii) и др.
Причиной снижения флористического разнообразия на этих пробных площадях может являться естественное разрушение древостоя с образованием «окон в пологе», в которых доминирующее положение начали занимать папоротники рода щитовник (Dryopteris), вытесняя другие виды травянистых растений. Проведенный анализ показал, что выявленные изменения в флористическом составе на постоянных пробных площадях, главным образом, могут быть объяснены происходящими изменениями в климатической системе региона.
